Convertir extensiones de archivos a minúsculas en Windows

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Crea un archivo .bat con el siguiente contenido:

@echo off
setLocal EnableDelayedExpansion

for %%f in (*.*) do (
 set "ext=%%~Xf"
 for %%c in (a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x y z) do set "ext=!ext:%%c=%%c!"
 ren "%%f" "%%~Nf!ext!"
)

Ejecútalo en la carpeta donde quieras hacer el cambio, afectará también a las subcarpetas.