En una ocasión tuve que normalizar las extensiones de los archivos de una carpeta a que todos fueran en minúsculas. Encontré esta solución: crea un archivo .bat con el siguiente contenido:
@echo off
setLocal EnableDelayedExpansion
for %%f in (*.*) do (
set "ext=%%~Xf"
for %%c in (a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x y z) do set "ext=!ext:%%c=%%c!"
ren "%%f" "%%~Nf!ext!"
)
Ejecútalo en la carpeta donde quieras hacer el cambio, afectará también a las subcarpetas.